中科院超级计算青岛分中心MrBayes安装手册

安装目录: 
/public/bio_app/mrbayes-3.1.2
软件介绍: 

MrBayes 3 . 1是基于最大似然法 (maxi mum likelihood, 简称ML算法)和贝叶斯推理法 (Bayesian inference, B I )的系统发生分析程序,其突出的优点是可以对数据进行分隔,能同时将核酸序列、 蛋白质序列以及形态学观察结果整合到数据文件中,从而得出综合分析结果。

使用用户: 

沙忠利, 沙忠利课题组

联系方式:82898682 shazl@qdio.ac.cn

刘媛, 崔朝霞课题组

联系方式:82898509 liuyuan@qdio.ac.cn
 

安装步骤: 

一、安装和使用mrbayes步骤:
1、在linux下安装mrbayes-3.1.2之前先将readline-dev包安装好(在suse中用yast来搜索该软件包进行安装)
2、将mrbayes-3.1.2.tar.gz拷贝到自己目录下,输入命令:
             gunzip mrbayes-3.1.2.tar.gz
      然后输入命令:
            tar mrbayes-3.1.2.tar
     得到解压文件mrbayes-3.1.2,进入目录 mrbayes-3.1.2:
           cd mrbayes-3.1.2   
     修改Makefile中的MPI参数即:
          vim Makefile
     将MPI?=no修改为MPI?=yes,保存退出后,在 mrbayes-3.1.2目录下执行make命令,进行编译:
          make
3、在mrbayes-3.1.2目录下执行:
         mpirun -n 进程数 ./mb mrbayes脚本
      进行测试。(n<=节点CPU个数)
4、 在mrbayes-3.1.2目录下提交作业:
       bsub -n 进程数 -q 队列名 -a openmpi mpirun.lsf ./mb mrbayes脚本
 (n>0,mpirun.lsf脚本里面已经自动调用bsub -n中的进程数,故不必再写上-n 进程数)
若提交的并行作业不能跨节点并行计算,查看.ssh文件下的 id_rsa.pub与authorized_keys里面的内容是否一致,如果不一致则执行命令:cp id_rsa.pub authorized_keys

二、用户在使用中对调用进程数的多少不清楚,经分析后得知:

提交作业申请的核数以及mpirun启动的进程数都应该是参数Nruns×Nchains,才能达到最佳的运算效率。

mrbayes软件从算法的角度来说,进行mpi并行化只是一种通过多次多链的模拟,以获得更为精确结果的手段,但其实对计算效率并无大影响,反而是独立的run越多,时间越久