中科院超级计算青岛分中心RAxML安装手册

安装目录: 
/public/bio_app/RAxML-7.0.4
软件介绍: 

RAxML是用极大似然法建立进化树的软件之一,可以处理超大规模的序列数据,包括
上千至上万个物种,几百至上万个已经比对好的碱基序列。
 

使用用户: 

刘媛, 崔朝霞课题组

联系方式:82898509 liuyuan@qdio.ac.cn

安装步骤: 

1、下载 RAxML-7.0.4.tar.bz2
2、将RAxML-7.0.4.tar.bz2拷贝到自己目录下,输入命令:
             bzip2 -d RAxML-7.0.4.tar.bz2
      然后输入命令:
           tar -xvf RAxML-7.0.4.tar
     得到解压文件RAxML-7.0.4,进入目录 RAxML-7.0.4:
           cd RAxML-7.0.4/   
   由于是需要MPI支持的并行分析,故需要make Makefile.MPI文件,即:
           make -f Makefile.MPI
3、测试
bsub -n 18 -a openmpi mpirun.lsf ./raxmlHPC-MPI -f a -s primates.phy -x 12345 -# 10 -m GTRCAT -n TEST
其中 -f a rapid Bootstrap
     -s sequenceFileName 要处理的phy文件
     -x 用快速方法进行Bootstrap 
     -#|-N numberOfRuns
     -n outputFileName   输出的文件
     -m substitutionModel 模型设定