中科院超级计算青岛分中心phylobayes3.3b手册

安装目录: 
/public/bio_app/phylobayes3.3b
软件介绍: 

PhyloBayes是贝叶斯蒙特卡罗马尔可夫链(MCMC)采样器利用蛋白质比对系统发育重建。相比于其他的系统发育MCMC采样(例如MrBayes),PhyloBayes的主要区别特征是底层的概率模型,CAT(Lartillot和Philippe,2004)。 CAT是一个无限的混合模型占站点特定的氨基酸和核苷酸的偏好。它非常适合使用大型多基因比对phylogenomic研究。

使用用户: 

刘媛, 崔朝霞课题组

联系方式:82898509 liuyuan@qdio.ac.cn

安装步骤: 

1、用户目录下安装phylobayes3.3b
liuyuan@node83:~> cd phylobayes3.3b/sources/
liuyuan@node83:~/phylobayes3.3b/sources> make
liuyuan@node83:~/phylobayes3.3b> vi ~/.bashrc
添加:
export PATH=/public/home/liuyuan/phylobayes3.3b/data:$PATH
保存source .bashrc
 
2、提交作业:
  bsub -n 8 mpirun -n 8 ./pb -cat -mtart -d ~/phylobayes3.3b/combined_aa.phy ~/phylobayes3.3b/test/aaa1 &
  bsub -n 8 mpirun -n 8 ./pb -cat -mtart -d ~/phylobayes3.3b/combined_aa.phy ~/phylobayes3.3b/test/aaa2 &

3、比较两个链: 
 bpcomp aaa1 aaa2
查看输出结果:
liuyuan@node83:~/phylobayes3.3b/test> bpcomp aaa1 aaa2

initialising random
seed was : 791961

aaa1.treelist : 1630 trees
aaa2.treelist : 3129 trees

maxdiff     : 0.253139
meandiff    : 0.0146816

bipartition list in : bpcomp.bplist
consensus in        : bpcomp.con.tre

Maxdiff<0.1时最好。
 
4、停止:
  stoppb aaa1
  stoppb aaa2
 
5、继续计算:
 bsub -n 8 -m "node44" mpirun -n 8 pb ~/phylobayes3.3b/test/aaa1 &
 bsub -n 8 -m "node44" mpirun -n 8 pb ~/phylobayes3.3b/test/aaa2 &