中科院超级计算青岛分中心samtools安装手册

安装目录: 
/public/bio_app/samtools
软件介绍: 

Samtools是一系列处理BAM格式序列的应用。它从SAM(Sequence Alignment/Map)格式输入或者输出为SAM格式,可以进行排序,合并和建立索引,并且允许快速地检索任意区域的读段(reads)。

Samtools工作在数据流中。它需要一个输入文件(-代表标准输入stdin,1>)和一个输出文件(-代表标准输出stdout)。因此,一些命令可以在unix管道结合。Samtools通常将警告信息和错误信息输出到标准错误输出(stderr,2>)。

Samtools也能打开远程FTP或者HTTP服务器上的BAM文件(BAM文件名起始为`ftp://'或者`http://')。Samtools将会检查当前工作目录中的index文件,如果确实将会下载。除非要求它检索整个序列文件,否则不会这样做。

 

安装步骤: 

1.下载Samtool

1 wget http://sourceforge.net/projects/samtools/files/samtools/0.1.13/samtools-... ./

2.解压Samtool

1 tar jxvf samtools-0.1.13.tar.bz2

3.安装

1 cd samtools-0.1.13

2 make

之外Samtool还有一些脚本程序在misc这个文件夹里面

最后将bwa和samtools的工作目录加入PATH

1 cd

2 vi .bashrc